OUTER　HEAVEN蜂起
1995年、南アフリカの奥地で突如出現した武装要塞国家「OUTER　HEAVEN」。
そこでは核搭載型二足歩行戦車メタルギアが開発されていることを掴んだ西側
はFOX　HOUNDに潜入工作を要請。先に潜入したグレイ・フォックスは敵の捕虜
となった。
しかし、新入隊員のソリッド・スネークが彼を解放。開発途中のメタルギアを破壊し、
OUTER　HEAVENを陥落させる。
だが、脱出時に、FOX　HOUND総司令官ビッグボスがスネークの前に現れた。OUT
ER　HEAVENの実態は大規模な傭兵派遣会社であり、彼こそがその指揮官であった。
スネークはビッグボスを倒し、OUTER　HEAVENを後にした。


ザンジバーランド騒乱
1999年、石油を精製する微生物OILIXを開発したキオ・マルフ博士が拉致された。
中央アジア少数民族自治区に興った独立武装勢力ザンジバーランドがOILIXを手に
いれることで、エネルギー危機の世界に対し軍事的・政治的優位を確立しようとした。
当時のFOX　HOUND司令官ロイ・キャンベルは退役していたソリッド・スネークを呼び
戻し、ザンジバーランドの潜入、キオ・マルフ博士の救出を依頼。
スネークは、ザンジバーランドの潜入に成功。OUTER　HEAVENから移管され完成して
いたメタルギアを破壊、傭兵部隊を束ねるFOX　HOUND部隊隊員グレイ・フォックス
との死闘を制し、OILIXの精製法の奪還に成功した。
だが、スネークはザンジバーランドを影で率いていた男ビッグボスと再度戦うことになる。
二度目の戦いに勝利したスネークは戦場を去った。


シャドー・モセス島事件
アラスカ、フォックス諸島沖の孤島シャドー・モセス島にある核兵器廃棄所で演習を行っていたハイテク特殊部隊FOX　HOUNDが突如蜂起し、島を占領。
数百の核弾頭を手にした彼等の要求は「伝説の兵士」ビッグボスの遺体。彼らは24時間以内に要求が受諾されない時は、核を発射すると通告してきた。
この事件に元FOX　HOUND部隊隊員ソリッド・スネークがよびもどされた、 核兵器廃棄所に単独潜入し、人質のDARPA局長およびアームズ・テック社社長を救出、テロリストを排除・武装解除するよう極秘裏に任務が下った。
シャドー・モセス島の潜入に成功したスネークだったが、人質は彼等によって殺されてしまった。しかし、偶然今回の事件に巻き込まれたキャンベルの姪のメリル・シルバーバーグを助けることに成功したが、彼等の仲間のスナイパーにより、メリルは負傷し、再び拘束された。その上、メリルを救出しようとしたスネークまで捕まってしまったが、DARPA局長たちと同じように拘束されていたハル・エメリッヒ博士の協力で何とか脱出に成功したスネークは、メリルの救出とメタルギアの破壊を試みた。

メタルギア・レックス破壊には成功したスネークだったが、今回の事件の首謀者リキッド・スネークがスネークの前に現れた。実は、彼とソリッド・スネークとは兄弟だったのである。スネークはリキッドとの戦いに勝ち、メリルの救出にも成功した（途中の選択肢で内容が変わります）。