ドキドキ学園新世紀２１ストーリー
時は西暦２０００年。
長年にわたって天界を揺るがせた開運軍団と妖怪軍団の戦いも、
最強神を頂点とする「善なる力」の勝利によって、ようやく終結を迎え、
全宇宙のエネルギーバランスも聖なる安定を取り戻そうとしていた。
しかし、敗色濃厚となった妖怪軍団は、その影で着々と、新たな計画を実行に移しつつあった。
天界から人間界への大移民計画がそれである。
生き残った妖怪による精鋭軍「邪侵族（ハッカー）」を人間界に送り込み、地球を植民地化しようというのだ。
彼らは、これからの時代を担う子供たちにターゲットを定め、
｢ストー蚊｣、｢あそ坊主｣、｢死骸仙｣など１５名からなる先発隊を君たちの学園に送り込んだ。
そして、次々とおこる学級崩壊…子供たちが危ない！
その動きを察知した、最強神以下天界の重臣たちは直ちに
｢逆探智小五郎｣、｢勉学和尚｣、｢美多眠々｣など１３名の「神衛団（ガーディアン）」を地球に派遣して彼らに対抗。
舞台を天界から人間界に移し、新たな戦いがはじまろうとしていた。
さらに、事態を重く見たスーパー最強神は、子供たちを邪侵族の手から護るため
「ハジメの皇子」と「ワタルの皇子」のふたりを地球に送ることを決断。
両陣営とも新手の精鋭を続々と投入し、最後の力をふりしぼった総力戦へと突入していく…
